Cerita bermula dengan zaman kanak-kanak Azuma apabila dia mula berminat dan belajar membuat roti yang lebih sedap daripada nasi bagi membuktikannya kepada datuknya. 10 tahun telah berlalu...

Babak Ujian Kemasukan Pantasia

Babak ini adalah permulaan di mana Azuma pergi ke Cawangan Utama Pantasia bagi mengharapkan jawatan kosong tetapi dia baru sedar bahawa dia terpaksa melalui satu siri ujian bagi jawatan kosong tersebut. Lebih malang lagi, Azuma bermula dengan hampir kehilangan semua mata bagi mengelakkannya disingkirkan. Dalam babak inilah Azuma mula mengenali Kawachi, Kuroyanagi, Tsukino dan Suwabara Kai. Selepas sahaja pertandingan tamat, Azuma dan Kawachi mendapat pekerjaan di Pantasia Cawangan Tokyo Selatan. Pelbagai cerita pendek mengambil tempat setelah mereka bertemu pengurus mereka Matsushiro Ken dan Azuma bertanding dengan seorang tukang roti yang mahir tetapi berperwatakan seperti lelaki lembut, Mokoyama.

Babak Pertandingan Pekerja Baru

Babak cerita ini memaparkan satu pertarungan sengit antara semua pekerja baru Pantasia pada tahun tersebut. Selepas mereka mengetahuinya, Kawachi mengisytiharkan Azuma sebagai pesaingnya dan memulakan latihan fizikal bagi memperoleh Tangan Matahari tiruan, dikenali sebagai Sarung Tangan Matahari. Babak ini memperkenalkan adik-beradik Tsukino serta perselisihan di antara mereka. Terdapat beberapa tukang roti pesaing yang kembali sebaik Azuma dan Kawachi menyertai pertandingan. Kemuncak pertandingan adalah pertarungan antara Azuma dengan graduan Universiti Harvard bernama Kanmuri.

Babak Piala Monaco

Kanmuri yang bertukar ke Cawangan Tokyo Selatan mendedahkan rancangan jahat bekas pengurusnya Yukino yang bersekongkol dengan Kirisaki Yuuichi untuk mengambil alih Pantasia. Azuma, Kawachi dan Suwabara pergi ke Monaco untuk menyertai pertandingan roti antarabangsa bagi menyelamatkan Pantasia daripada dimiliki Kirisaki Yuuichi. Mereka bertemu badut hakim Pierrot, di samping Raja Monaco berkepala singa yang menganjurkan pertandingan. Namun, pesaing Pantasia, St. Pierre cuba merasuah panel hakim serta berbuat apa saja untuk menghalang Wakil Jepun (kumpulan Azuma) memenanginya, termasuk cubaan membunuh mereka. Terdapat juga cerita sampingan mengenai Pierrot, yang juga merupakan "anak yatim" yang mencari keluarga kandungnya.

Babak Yakitate!! 9/25

Azuma dan rakan-rakannya telah memenangi Piala Monaco tetapi gagal menyelamatkan Pantasia kerana Kirisaki Yuuichi sudah pun mengambil alih Pantasia sebelum mereka memenanginya. Namun, pemilik St. Pierre itu menawarkan peluang terakhir kepada mereka untuk merampas semula Pantasia melalui pertandingan Yakitate!! 9 (25 dalam manga) yang bercorak seperti permainan Othello. Di dalam anime, cerita dipendekkan kepada Yakitate!! 9, di mana kumpulan Azuma mesti menang sekurang-kurangnya 5 daripada 9 pertarungan.

Mereka menghadapi persaingan yang sangat sengit daripada beberapa pesaing lama dan baru, termasuklah ahli kumpulan CMAP (Cooking Meal Assemble People; parodi kepada kumpulan SMAP di Jepun), Suwabara dan Monica, Azusagawa Yukino dan Meister Kirisaki sendiri.